Stratégie Nationale de Surveillance Génomique des agents pathogènes à potentiel pandémique et épidémique au Cameroun. Aout 2023.Version 2

Abstract

Depuis 2019, le monde entier a été éprouvé par la pandémie de COVID-19. En dépit du nombre de décès important à travers le Monde (plus de 6 millions), en Afrique (257891) et au Cameroun (1974) au 26 juillet 2023, cette pandémie a été une opportunité de renforcer les systèmes de surveillance des agents pathogènes susceptibles de provoquer de futures pandémies.Dans cette optique le Cameroun a mis en place une plateforme de surveillance génomique au préalable dédiée au SARS-CoV-2 afin d’identifier de nouveaux variants, de comprendre les dynamiques de transmission, d’identifier les schémas de résistance aux antimicrobiens et de développer des interventions de santé publique ciblées. Aussi, les capacités acquises en matière d’équipements et de ressources, permettent d’étendre la surveillance génomique aux autres pathogènes à potentiel épidémique et pandémique. En effet, la surveillance génomique transforme l’action de santé publique en permettant de mieux comprendre les agents pathogènes, leur évolution et leur circulation, ... L’OMS recommande la recherche opérationnelle et l’utilisation des données génomiques relatives aux agents pathogènes combinées aux données cliniques et épidémiologiques afin d’évaluer les risques, de mettre au point des vaccins, des traitements et des tests de diagnostic et de prendre des décisions en matière de santé publique et de mesures sociales. Au vu de ce qui précède, il est opportun pour le Cameroun de disposer d’un document de stratégie nationale de surveillance génomique des agents pathogènes à potentiel épidémique et pandémique, en accord avec la stratégie globale de surveillance génomique récemment éditée par l’OMS et les recommandations d’Africa CDC. L'objectif de ce document est de renforcer et maintenir les acquis obtenus à travers la surveillance génomique du SARS COV 2 et de l’étendre aux autres agents pathogènes à potentiel épidémique et pandémique tels que les bactéries, les virus, les parasites et les champignons, au Cameroun. Cette stratégie servira de document d’orientation pour l’implémentation des activités de surveillance génomique et elle permettra de prévenir la survenue de maladies émergentes ainsi que leur contrôle afin de limiter la morbidité et la mortalité ainsi que leur impact socio-économique. Elle rentre dans une approche Une Seule Santé et renforce la prévention des épidémies et pandémies par leur détection précoce, et contribue ainsi à la résilience de notre système de santé. Elle vise à intégrer la détection et le séquençage des pathogènes à potentiel pandémique et épidémique dans le réseau de laboratoires et optimiser l’usage des plateformes de génomique existantes au Cameroun. La rédaction de la stratégie nationale de surveillance génomique a été réalisée de manière inclusive et progressive. La première étape a été la conception de la stratégie dans les grandes lignes par un groupe de 8 experts en suivant les recommandations de l’OMS, Africa CDC et d’autres organismes internationaux impliqués dans la surveillance génomique. Par la suite la proposition de stratégie rédigée par les experts a été révisée par un groupe de 40 autres experts impliqués dans la surveillance et la réponse aux épidémies, issus de divers sectorielles et organisations non gouvernementales. Enfin le document a fait l’objet d’une validation par le groupe d’experts ayant rédigé le document initial avant soumission à l’appréciation du Ministre de la Santé Publique du Cameroun pour adoption.